En plena Edad Media, el papa Gregorio VII, desde la ambigüedad de las palabras utilizadas, va a resolver esta disputa de forma clara: «Quod catholicus non habeatur, qui non concordat Romanae Ecclesiae» («que nadie sea llamado católico si no concuerda con la Iglesia romana»). Es decir, todo aquel que tenga opiniones diferentes a la oficial del papa será considerado no católico y por tanto entra dentro del colectivo que podemos denominar «hereje

A principios del siglo XIII, la Iglesia de Roma decidirá finalmente poner freno al descontrol religioso desde una doble perspectiva. Por un lado apoyará una respuesta militar directa, mientras que al tiempo patrocinará la creación de una institución que se va a encargar de perseguir judicialmente sobre el terreno, y muy tenazmente, las desviaciones de la ortodoxia romana. Esta institución es la que llamamos Inquisición.

reinado de los Reyes Católicos introdujo un nuevo elemento en la ya complicada situación, el concepto de unidad. Desde la Corona se impuso una política tendente a crear una identidad unificada plena entre la sociedad civil y la monarquía como depositaria de su soberanía. Si Dios había seleccionado al monarca y le había entregado la tarea de regir los destinos de la población, sus designios habrán de ser de obligado cumplimiento y su religión, su Dios, esencial para sustentar al naciente Estado, cuius regio eius religio en palabras de Lutero. Pero no va a ser suficiente con ser cristiano, sino que había que ser buen cristiano según unos cánones oficiales que la Inquisición se encargará de vigilar.
En 1477, la situación en Sevilla se hizo explosiva y a los Reyes Católicos llegaron informes con múltiples acusaciones contra la comunidad conversa. No sólo eran malos cristianos sino que se apoyaban entre ellos como si de una secta se tratase para seguir controlando los resortes del poder económico.