En 1585 el obispo Pedro de Feria escribió un informe acerca de lo que en su visita pastoral descubrió en el pueblo de Chiapa. Durante su estancia recibió diversas denuncias contra varios indios de los pueblos de Chiapa y Suchiapa, por haber creado una cofradía de «los doce apóstoles», llamada por los indios «la gran junta». Los miembros de ella llevaban a cabo prácticas tradicionales consideradas por el obispo idolátricas, y como dirigente de esta cofradía denunciaron a Juan Atonal, el que, a decir de Feria, era «…uno de los más principales indios de aquel pueblo que debe hacer más de cuarenta años que se bautizó, y más de treinta que confiesa, y comulga cada año, a quien los religiosos tenían, y yo también tenía, por aventajado cristiano».
Juan Atonal se ganó la estima de los religiosos al ser uno de los primeros indios bautizados y devotos de la Iglesia, siendo así considerado un «aventajado cristiano» por el obispo fray Pedro de Feria cuando llegó a la diócesis en 1575. Las buenas relaciones finalizaron cuando casi una década después se descubrió que Atonal y otros indios principales del obispado habían formado una cofradía clandestina.
Por supuesto, el hallazgo fue declarado acto de herejía y el obispo Feria, que para entonces se dirigía al III Concilio mexicano de 1585, envió un memorial, Revelación sobre la reincidencia en sus idolatrías, condenando a aquellos indios bautizados cuarenta años atrás. Para el dominico el asunto no se justificaba con la ignorancia que tiempo atrás había argumentado Las Casas, sino que se trataba de una blasfemia de deliberada malicia. Feria no solo veía en los indios signos de falsa fidelidad como en conversos y moriscos; y las encontraba peligrosas por las semejanzas con el misticismo herético español de la secta de los Alumbrados.
El obispo de Chiapa pidió entonces medidas conciliares más severas contra la idolatría india, la cual en su opinión había sido indultada hasta entonces por el precepto de Las Casas.
