Las investigaciones revelan que las mujeres con endometriosis tienen un mayor riesgo de sufrir diversos trastornos autoinmunes, como alergias, lupus eritematoso sistémico, síndrome de Sjögren, artritis reumatoide y esclerosis múltiple. Sobre la base de este hallazgo, se desarrolló una teoría híbrida que amplía la teoría de la menstruación retrógrada de Sampson. Como se mencionó anteriormente, la menstruación retrógrada afecta al 90 % de las mujeres aproximadamente, mientras que solo una minoría desarrolla endometriosis. Se ha formulado la hipótesis de que una disfunción inmunitaria subyacente interfiere en la capacidad natural del cuerpo de extraer de la zona pélvica el tejido del reflujo; esto permite que dicho tejido se establezca y prolifere, el resultado de lo cual es la endometriosis.