La Guía espiritual fue denunciada por el cardenal D'Estrées, embajador en Roma del rey de Francia Luis XIV y ex amigo personal de Miguel de Molinos. Tras la denuncia Molinos fue apresado junto con algunos de sus discípulos el 18 de julio de 1685, procesado “por inmoralidad y heterodoxia” y condenado en 1687 a reclusión perpetua, siempre vestido con un hábito penitencial, tenía que recitar el Credo y un tercio del Rosario, y confesarse cuatro veces al año.
Molinos abjuró de su doctrina en la iglesia de Santa María sopra Minerva el 13 de septiembre de 1687.
La Guía espiritual fue traducida al latín, el francés, el holandés, el italiano, el alemán y el inglés; en quince años hubo veinte ediciones en diversas lenguas. El quietismo tuvo repercusión sobre todo en Italia, donde cardenales como Casanata, Carpegna, Azzolini y el mismo D'Estrées entablaron amistad con Molinos, y otros como Coloredi, Cíceri y Petrucci, obispo de Jesi, asumieron sus ideas; incluso el propio papa Inocencio XI pensó en nombrarlo cardenal. En Francia difundieron el quietismo el padre François Lacombe, madame Jeanne Guyon y Fénelon, que apoyó las doctrinas de éste sobre el amor divino.
