Milán, 1496, Leonardo da Vinci espera ilusionado su primer encuentro con el fraile Luca Pacioli, alumno de Piero della Francesca y matemático ilustre. Al ingresar en la celda del fraile, en el monasterio que lo alberga, Leonoardo fija su atención en una pintura que representa al erudito: un conjunto de alegorías y referencias a la geometría euclidiana que lo impresionan. Para Leonardo, que siempre había estado interesado en todas las ramas del conocimiento, las matemáticas, cuyo estudio le había sido negado, sigue siendo la reina de las ciencias. Precisamente por este motivo había pedido al embajador milanés en Venecia que invitara a los franciscanos a Milán.
El encuentro entre los dos hombres, sin embargo, se ve empañado por la muerte del vecino de Pacioli, otro fraile, en realidad un ladrón, culpable de haber robado los antiguos textos bizantinos que llegaron a Italia tras la ruinosa cruzada en Morea liderada por Sigismondo Pandolfo Malatesta. Esos volúmenes, desaparecidos junto con el asesino, son de gran intereés también para Leonardo y Pacioli. Juntos, de Milán a Venecia, de Florencia a Urbino, cruzando una Italia ahora al atardecer de la feliz, pacífica e independiente época de Lorenzo Medici, Sforza y Montefeltro, los dos se ubicarán en el camino del asesino y los textos rabados.
Y Leonardo descubrirá el enigma escondido en la pintura que representa a Pacioli.
