La obra de Lamarck, sin duda una de las peor conocidas y peor estudiadas en el campo de la epistemología del conocimiento biológico, ha sido objeto de numerosas críticas que, desde Cuvier a Foucault, han desvirtuado el pensamiento lamarckiano, al intentar oponerlo al de Darwin, a la vez que se ha acentuado la crítica de determinados aspectos (idealistas) de su obra, siendo ello la causa del olvido de las aportaciones científicas de Lamarck y del significado ideológico de su pensamiento. Su «Filosofía zoológica» es una ambiciosa síntesis del mundo orgánico y de su desarrollo en el tiempo. Introduce por primera vez en Biología la noción de evolución como «desarrollo en el tiempo» y la determinante influencia que ejerce el medio en las modificaciones del organismo. Darwin, que no reparó en críticas a la obra de Lamarck, reconoce en la «reseña histórica», publicada en la tercera edición de «El origen de las especies», que «Lamarck fue el primero […] que rindió a la ciencia el eminente servicio de declarar que todo cambio en el mundo orgánico, así como en el inorgánico, es el resultado de una ley de la naturaleza y no de una intervención milagrosa».
