Den hemmelige datter starter i 1984 i en lille indisk landsby, hvor kvinden Kavita føder sit andet barn. Også denne gang er det en datter, og også denne gang må hun give sit barn bort, da hun og hendes mand kun har råd til at opfostre et barn: en søn. Pigen Asha havner hos et barnløst ægtepar i Californien, der giver hende den trygge barndom, hun ikke ville have fået i Indien. Efterhånden som Asha bliver ældre, kommer der dog et ønske om at finde sine rødder, og hun rejser derfor til Indien i håb om at finde sine biologiske forældre, men ender med at finde noget ganske andet end det, hun havde håbet på.
