Las obras más conocidas de Fernando de Alvarado son la presente Crónica mexicana, escrita en castellano hacia 1598, que relata la salida de Aztlan de los aztecas-mexicas y termina con el inicio de la conquista; y la Crónica mexicáyotl, compuesta en náhuatl en 1609, que relata las genealogías de los más altos pipiltin (nobles) mexicas, y exhibe sus méritos y derechos. La Crónica mexicana relata cómo los mexicas alcanzaron su esplendor y conquistaron el mundo por ellos conocido. Manuel Orozco y Berra, su primer editor, afirmó en la introducción de la Crónica que esta: «narra las causas que motivaron las guerras y el resultado de estas, dejando traslucir cuanto había de grosero, de arbitrario, de injusto en la conducta de los monarcas de la triple alianza; los diálogos son naturales, el estilo duro, descuidado, propio de los pueblos a quienes pertenecen: en suma, es la tradición, la tradición verdadera que los mexica conservaban en sus seminarios y hacían aprender de coro a los jóvenes educandos».
