Pero la posición de Bonaparte fue muy distinta de la de Maximiliano Robespierre. Napoleón rompió con la política colonial de la república jacobina y decidió enviar una expedición para reprimir la sublevación negra y restituir la colonia a Francia, es decir, terminar con el régimen republicano en Haití, pese a que estaba inspirado en los ideales de la propia Revolución Francesa. Una fuerza encabezada por Víctor Emmanuel Leclerc (esposo de la hermana de Napoleón) partió hacia el Caribe, con ochenta barcos y 58.000 soldados. En 1802, Toussaint L’Ouverture cayó prisionero y fue enviado a París, en donde murió cautivo al año siguiente. Jean Jacques Dessalines, otro líder revolucionario negro, continuó la lucha contra los franceses.
Leclerc envió su reporte a Bonaparte:
He aquí mi opinión sobre este país: hay que suprimir a todos los negros de las montañas, hombres y mujeres, conservando solo a los niños menores de doce años, exterminar la mitad de los negros de las llanuras y no dejar en la colonia ni un solo mulato que lleve charreteras (Eduardo Galeano, Las venas abiertas de América Latina).