Con el tiempo, la policía capturó a Nechayev. En 1872 fue arrestado en Suiza y extraditado a Rusia, donde fue encarcelado en confinamiento solitario en la fortaleza de San Pedro y San Pablo. Nada más se supo de él (se supuso que había muerto) hasta ocho años más tarde, cuando de pronto un grupo de terroristas recibió una carta suya que contenía un plan de fuga. Por la tremenda fuerza de su personalidad, Nechayev, se había ganado a sus propios guardianes y (literalmente) había establecido una célula revolucionaria clandestina en los calabozos de ese bastión zarista. Estos guardianes habían sacado de contrabando la carta. Más tarde, cuando fueron llevados a juicio, eligieron ir a prisión antes que denunciar a su dirigente. Pero entonces ya era demasiado tarde para Nechayev (murió en la fortaleza el año siguiente)